酶类在有机体的生命活动中起着重要作用，是不可缺少的物质。蜂蜜中有丰富的酶类，这是其他食品不可比拟的。蜂蜜中的酶主要是蔗糖酶(转化酶)、淀粉酶。蔗糖酶能将花蜜中的蔗糖转化为具有旋光性的单糖，即左旋糖(α一果糖，果糖)和右旋糖(α葡萄糖，葡萄糖)，故称之为转化酶。它在蜂蜜成熟过程中起重要的作用，即把花蜜中的蔗糖转化为葡萄糖和果糖，并在贮存过程中继续作用，使蔗糖含量下降，转化糖的含量相应升高。但蔗糖酶对温度反应敏感，据安徽财贸学院陶琼(2002)的试验，蔗糖酶在40—45℃条件下，经过3小时都很稳定;当温度达到50℃，经过1小时，蔗糖转化酶的损失率达45.56%;当温度达到60℃时，经过1小时其损失率达86.66%，经过3小时损失率达96.48%。
蜂蜜中的淀粉酶在蜂蜜中的作用尚不清楚，但它和其他酶一样对热不稳定，长期贮存时酶值会下降，在常温下贮存17个月后，淀粉酶的含量可能会失去一半。据安徽财贸学院陶琼(2002)的试验，淀粉酶在40℃条件下，经过3小时，酶值几乎无变化;当温度达到45℃时，淀粉酶值就开始下降，经过3小时淀粉酶的损失率为35.46%;在50℃经过3小时其损失率为41.53%：在60℃经过l小时其损失率为48%，3小时损失率为71. 75%。所以，淀粉酶值的高低，可表示蜂蜜的新鲜度和成熟度。由于淀粉酶易于测定，目前世界各国都以淀粉酶值作为蜂蜜质量的重要指标之一。由于蜂蜜含有较多的蔗糖酶和淀粉酶，所以人们食用蜂蜜之后，可以增加食欲和帮助消化，尤其对老人更为适宜。
蜂蜜中还有较为重要的酶，如葡萄糖氧化酶、过氧化氧酶、磷酸酶以及还原酶、类蛋白酶和脂酶等。这些酶主要来自于蜜蜂的唾液，它们是在酿造蜂蜜的过程中加入到蜂蜜中去的。蜂蜜中的葡萄糖氧化酶可将葡萄糖氧化为葡萄糖酸和过氧化氢，过氧化氢有很强的杀菌作用，所以蜂蜜有很强的抑菌作用。因此，人们食用蜂蜜可以治疗肠炎和胃溃疡。
