蜂蜜发酵即由微生物参与的化学反应，微生物通过本身的代谢活动，将所吸收的各种营养物质进行分解、合成。蜂蜜发酵，就是蜂蜜中葡萄糖和果糖，在耐糖酵母菌分泌的葡萄糖和果糖分解酶的作用下，形成酒精和二氧化碳。
然后在氧化条件下，酒精再由醋酸菌分解为醋酸和水。其化学反应式如下：
C6H12u60酵母菌2c2H5oH+2C02
C2H50H+02醋酸菌cH3COOH+H20
蜂蜜发酵后，由于释放二氧化碳而引起蜂蜜的色泽变化，表面呈现白色条纹或斑纹，使蜜色变浅。当液化后，其表面形成泡沫层，并散发出酒精昧或醛酸味，使蜂蜜失去原有的香味。盛于密封的蜜桶内的蜂蜜，发酵时产生出大量的二氧化碳气体，会使蜜桶发生“胖听”现象，最后引起蜜桶破裂，甚至爆炸，造成危险。
蜂蜜中的耐糖酵母菌，主要来源于植物的花朵和土壤。若土壤里含有酵母菌则取蜜时的空气和设备都会受到污染。分离蜂蜜后的潮湿巢脾，往往也会有大量酵母菌存在。耐糖酵母菌侵入蜂蜜引起发酵，与蜂蜜含水量高有直接关系。欲使蜂蜜安全贮存一年，则每克蜂蜜中的酵母菌数平均不得高于10个菌体;含水量高于19%时，每克蜂蜜含酵母孢子多于1个时，发酵现象就会很快发生。
蜂蜜发酵还与蜂蜜贮存的温度有关。实验表明，酵母菌最适生长温度是23～26℃，如果蜂蜜温度降到11℃以下，它就不会生长。但在11～15.5℃下贮存的蜂蜜，因为容易结晶，从而造成蜂蜜上层液态部分含水量增加，反可促进酵母菌的生长繁殖。另外，混入异物或掺进发酵陈蜜的新蜜，也容易引起发酵变质。
防止蜂蜜发酵的关键措施是，收购成熟蜂蜜，严格控制库温和改善蜜库卫生。轻度发酵的蜂蜜，应抓紧倒入不锈钢层锅或牛奶消毒锅内以巴氏灭菌消毒法杀灭酵母菌。经过灭菌的蜂蜜，于撇除泡沫后，迅速倒人干净的蜜桶中，盖紧桶盖。
