蜂蜜发酵是常见的蜂蜜质量问题之一。由于蜂蜜能吸收空气中的水分，因而浓度逐渐变稀；而未成熟的蜂蜜，含水量也比较高。通常蜜中含水量在21%以上，即有利于酵母菌的生长繁殖。若蜜中含水量超过33%，酵母菌的活动则更频繁。如果酵母菌在蜜中大量繁殖，就会将蜜中糖分分成酒精和二氧化碳，这就是蜂蜜的发酵。
研究表明，蜂蜜发酵与水分含量有直接关系。据对319个蜂蜜样品试验，结果为蜂蜜水分超过20%时容易发酵。当水分含量为19.1%—20%，酵母菌含量＜1/克；水分含量18.1—19%，酵母菌＜10/克；水分含量17.1%—18%，酵母菌＜1000/克，不容易发酵。当水分含量低于17.1%时，不会发酵。此外，蜂蜜含水分过多，糖的浓度及其它抑菌成分浓度降低，抑菌能力随之降低，在适宜的温度下，蜂蜜里的酵母菌便会大量繁殖，加快蜂蜜的发酵变质。
蜂蜜发酵后，表面会产生越来越多的泡沫，并溢出容器，严重时有胀裂蜜桶的危险。发酵后的蜂蜜，酸度增加，品质变劣，营养成分和风味受到破坏，发酵越严重，破坏程度也越大。对轻度发酵蜂蜜，应隔水加热到62℃左右，保持半小时，即可杀死酵母菌，除掉上面的泡沫，然后再装桶密封保存。蜂蜜经过加热，其色、香、味及酶值等都会受到一定程度的影响，使品质下降。故必须事先采取措施，尽可能收成熟蜜，并在保存中加强管理，避免与潮湿空气接触，以防发酵。
蜂蜜长时间没有吃，在你打开瓶盖是 会觉察瓶子里有一股气 而且还有比较刺激的气味，尤其在夏季 这种现象更为多见， 这种现象是因为蜂蜜中的酵母菌再发酵。
